Dal punto di vista diagnostico, non è possibile distinguere le cisti appartenenti ai diversi Assemblaggi sulla base di criteri morfologici o mediante saggi di immunofluorescenza con anticorpi monoclonali. Anche per la diagnosi di G. duodenalis, quindi, è necessario fare ricorso alle tecniche molecolari. Nel corso degli ultimi anni, diversi sistemi di identificazione molecolare delle cisti sono stati messi a punto ed applicati soprattutto alla loro caratterizzazione in campioni fecali. I saggi più comunemente utilizzati amplificano frammenti di vari geni codificanti per proteine strutturali come la b-giardina (Cacciò et al., 2002), per enzimi quali la trioso-fosfato isomerasi (Sulaiman et al., 2003), e la glutammato deidrogenasi (Monis et al.,1999), e per il DNA ribosomale (Hopkins et al., 1997). Alcuni di questi saggi consentono di identificare le diverse specie di Giardia e/o i diversi Assemblaggi di G. duodenalis attraverso la tecnica di PCR-RFLP (van Keulen et al., 2002; Cacciò et al., 2002).

La giardiasi e la criptosporidiosi, sono patologie a trasmissione orofecale. Nel 1976, è stato registrato il primo caso di infezione umana da Cryptosporidium, mentre per la Giardia la prima epidemia risale alla metà degli anni '60. E’ stata, inoltre, dimostrata la notevole diffusione delle due malattie tra diverse specie animali, domestiche e selvatiche. E’ stato messo in evidenza che l’uomo può contrarre queste patologie dal contatto con animali infetti, particolarmente dai bovini, ma anche da gatti e cani, anche se questi ultimi, a causa del basso numero di (oo)cisti evacuate, vengono ritenuti epidemiologicamente meno importanti. Anche nell’uomo, la classe di età più a rischio per contrarre la giardiasi e a criptosporidiosi è rappresentata dai bambini di età compresa tra 1 e 5 anni. Questo andamento si manifesta soprattutto nei paesi in via di sviluppo, mentre nei paesi industrializzati risulta essere indipendentemente dall’età. Nei soggetti immunocompromessi, soprattutto nei malati di AIDS, queste parassitosi, ma in particolare la criptosporidiosi, provocano una diarrea cronica e persistente. Ciò, col tempo, comporta una grave perdita di peso e squilibri elettrolitici. La sindrome diarroica e l’espulsione delle (oo)cisti con le feci durano diversi mesi e, in alcuni casi, si prolungano fino alla morte del soggetto. I casi di infezione trasmessi per mezzo dell’acqua potabile sono ritenuti abbastanza frequenti, in modo particolare nel caso di acqua prodotta da impianti antiquati o condotti in modo non corretto. Le principali epidemie risultano essere descritte in letteratura limitatamente agli USA ed al Regno Unito, in quanto in questi due paesi gli studi su questi agenti patogeni sono decisamente avanzati.

Le diverse specie del genere Giardia sono parassiti flagellati, unicellulari appartenenti alla classe Zoomastigophorea, ordine Diplomonadida, famiglia Hexamitidae, ed infettano ospiti di diverse classi di Vertebrati. Delle sei specie attualmente riconosciute valide, solo G. duodenalis (sinonimi G. intestinalis, G. lamblia) è in grado di infettare l’uomo. Il ciclo vitale di G. duodenalis è relativamente semplice ed ha inizio con l’ingestione delle cisti (che misurano circa 15 µm) da parte dell’ospite. Le cisti raggiungono quindi l’intestino, dove, attraverso il processo di escistazione, liberano i trofozoiti, i quali iniziano a moltiplicarsi per divisione binaria. I trofozoiti possono ritrovarsi liberi nel lume intestinale, o possono aderire alla mucosa attraverso una struttura nota come disco adesivo. Durante il passaggio attraverso il colon, i trofozoiti iniziano il processo di incistamento, e le cisti sono infine escrete, già infettive, con le feci dell’ospite. Analogamente a quanto ricordato per Cryptosporidium, anche nel caso di Giardia la cisti rappresenta lo stadio più importante per la diagnosi, anche se talvolta è possibile visualizzare i trofozoiti in campioni fecali freschi, soprattutto se diarroici. Le cisti di Giardia sono molto robuste e in grado di sopravvivere a lungo nell’ambiente. La bassa dose infettiva e l’elevato numero di cisti liberato con le feci degli ospiti infetti sono elementi importanti nella epidemiologia della giardiasi. L’infezione è diffusa in tutto il mondo, e si stima che 200 milioni di persone nei paesi in via di sviluppo siano affette da giardiasi sintomatica, con 500.000 nuovi casi all’anno. La giardiasi, nella sua forma acuta, si manifesta con diarrea persistente, dolori addominali e rapida perdita di peso, e, a seguito dei danni apportati ai microvilli intestinali, l’infezione può indurre una sindrome da malassorbimento. Tuttavia, bisogna sottolineare che le manifestazioni cliniche sono molto variabili e che in un numero consistente di casi vi è assenza di sintomi (Faubert, 2000). La ragione di questa variabilità non è nota, anche se è probabile che vi concorrano fattori come l’età e lo stato immune dell’ospite da un lato, e la virulenza del parassita dall’altro. Gli studi condotti negli ultimi anni hanno evidenziato che G. duodenalis sia da considerare un complesso di specie, i cui membri, pur non mostrando significative differenze morfologiche, sono chiaramente distinguibili per le loro caratteristiche biologiche e genetiche